Согласно плану экспедиции, Гамелин на «Натуралисте» должен был вернуться на родину первым, чтобы доставить больных и научные трофеи. Уже были собраны более 40 000 образцов фауны («Больше, чем когда-либо находи­ли ученые-натуралисты до нас», - писал позже Перон).

«Натуралист» лег на обратный курс, а «Географ» в на­чале января 1803 года подошел к острову Кенгуру. Здесь Боден приказал отловить страусов эму и кенгуру и доста­вить их на борт. Офицеры и ученые были возмущены, что должны тесниться из-за животных. Но протесты были на­прасны, слуги быстро перестроили каюты в дощатые заго­ны, в которых звери могли перенести качку. В собственной каюте Боден бережно разместил самые ценные растения.

Атмосфера на корабле давно уже была напряженной. На обратном пути вспыхнул давно назревавший конфликт между Боденом и Пероном. Зоолог уже не раз нарушал приказы капитана, подвергая себя и других смертельной опасности. Во время второго захода в залив Шарк он задержался на берегу, собирая морских моллюсков. Приказ вернуться на борт Перон и его спутники - художник Пети и один садовник - пропустили мимо ушей. В итоге они заблудились, им пришлось спасаться от аборигенов, и за два дня они чуть не умерли без еды и питья под палящим солнцем на голом берегу. Их спас один офицер, который (опять-таки нарушив приказ Бодена) продолжал поиски.

Когда еле живые Перон и его спутники вернулись на борт, им все сочувствовали. Но Боден был непреклонен. Он отдал приказ отныне отпускать Перона на сушу только в своем личном сопровождении - унижение, которое тот ему не простил. «Географ» еще раз зашел на Тимор. За последние месяцы здоровье капитана постоянно ухудшалось. Его мучали боли в груди, он харкал кровью и понимал, что не переживет путешествия.